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(Ambertools官网：https://ambermd.org/AmberTools.php) [hr] [*]AmberTools概述AmberTools是由几个独立开发的软件包组成，可用于完整的分子动力学模拟。 Amber.,计算化学公社 使用amber、gaussian、MCPB.py对金属蛋白系统参数化 (成键模型) 并将其转化为gromacs格式 前言：此例改编自amber官网教程，如有错误之处，还请批评指教 最近在.,计算化学公社 一个带+2价Zn的蛋白，Zn离子4配位，其中一个配位是结晶的水中的氧1，这个O该怎么处理呢？用tleap一处理就把这个O删掉了2，用MCPB.py处理过，高斯的部分用时太长了，.,计算化学公社 [amber] 求amber24和ambertools25的安装方法 [复制链接 copy url] 之前已经有人发了适用于Gromacs2025支持残基和原子类型双匹配CMAP项的Amber19SB力场，这里发一下适用于更早的Gromacs版本的力场包该套参数中使用的替代方案，为每一套C.,计算化学公社 我知道可能很多人觉得用amber来跑QM/MM效率不是很高。 但有些人就是懒，不想用别的，而且很多时候并不是想做非常严谨的QM，而是用一些半经验的方法试试看。
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